Voyage Linux の README の 6.3 Known Issues に、

- When using CF card for heavy write operation, the following settings on 
  pdflush should be applied (Recommended by PCEngines). 
    # echo 500 > /proc/sys/vm/dirty_expire_centisecs
    # echo 1024000 > /proc/sys/vm/dirty_bytes
    # echo 100 > /proc/sys/vm/dirty_writeback_centisecs 
  You can also put these files to /etc/sysctl.conf
    vm.dirty_expire_centisecs=500
    vm.dirty_bytes=1024000
    vm.dirty_writeback_centisecs=100
と書かれています。
apt-get update や apt-get install 等、ディスク(CF)に書き込む処理を多く行う場合は、
上記設定をしたほうがよいかもしれません。